Την οριστική απαλλαγή του καθηγητή Νίκου Μανιαδάκη από τις κατηγορίες της παθητικής δωροδοκίας , που του είχαν απαγγελθεί εμπλέκοντάς τον στην υπόθεση της Νοvartis, αποφάσισε το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών της Αθήνας.
Ο Ν. Μανιαδάκης πριν βρεθεί στη θέση του κατηγορούμενου είχε συμπεριληφθεί στην ομάδα των προστατευόμενων μαρτύρων , οι καταθέσεις των οποίων είχαν διαβιβαστεί από την Εισαγγελία Διαφθοράς στη Βουλή ,και με βάση αυτές κινήθηκε η διαδικασία για τα δέκα πολιτικά πρόσωπα.
Ωστόσο, στις 31 Δεκεμβρίου 2018 , αφού πρώτα του αφαιρέθηκε η ιδιότητα του προστατευόμενου μάρτυρα για την ίδια υπόθεση, ασκήθηκε ποινική δίωξη σε βάρος του καθηγητή για το αδίκημα της παθητικής δωροδοκίας σε βάρος του Ελληνικού Δημοσίου, σχετικά με τον χρηματισμό αξιωματούχων του Υπουργείου Υγείας από την φαρμακοβιομηχανία NOVARTIS.
Ο Νικόλαος Μανιαδάκης από την πρώτη στιγμή της ποινικής δίωξης σε βάρος του υποστήριξε ότι είναι αθώος και πως δεν έχει καμία απολύτως σχέση με την κατηγορία που του είχε αποδοθεί.
Τρία χρόνια αργότερα το Δικαστικό Συμβούλιο, συντασσόμενο πλήρως με τη σχετική Εισαγγελική πρόταση και την διάταξη έκδοσης τυπικών κλήσεων της Ανακρίτριας Διαφθοράς κατέληξε ομόφωνα στην απαλλαγή του Ν. Μανιαδάκη με τις εξής σκέψεις:
«i) ουδέποτε διορίσθηκε Σύμβουλος των εκάστοτε Υπουργών, Αναπληρωτών Υπουργών και Υφυπουργών Υγείας , ii) δεν συμμετείχε κατά το χρονικό διάστημα 2010-2014 ως εκπρόσωπος (τακτικός ή αναπληρωματικός) της Εθνικής Σχολής Δημόσιας Υγείας στην Ολομέλεια του Κεντρικού Συμβουλίου Υγείας (Κε.Σ.Υ.) iii) δεν συμμετείχε ως μέλος στην Επιτροπή Τιμών Φαρμάκων , iv) δεν συμμετείχε σε θεσμοθετημένη Επιτροπή του Ε.Ο.Φ. , v) η ως άνω ιδιότητα του κατηγορουμένου ως Καθηγητή της ανωτέρω Σχολής δεν επαγόταν ως εκ της θέσης του καθήκον παροχής συμβουλευτικών ή άλλων υπηρεσιών στο Υπουργείο Υγείας και τους Υπουργούς Υγείας»
Υπό αυτό το πρίσμα οι δικαστές κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι στα καθήκοντα του κατηγορουμένου δεν περιλαμβανόταν ούτε η διαμόρφωση της τιμής των φαρμάκων, ούτε η κυκλοφορία νέων φαρμάκων, ούτε η διαμόρφωση της φαρμακευτικής νομοθεσίας. Επομένως δεν μπορεί να γίνει λόγος για υπηρεσιακή πράξη αντίθετη με τα καθήκοντά του και συνακόλουθα δεν μπορεί να γίνει κατηγορία σε βάρος του για την αποδιδόμενη σε αυτόν αξιόποινη πράξη.
Οι συνήγοροι υπεράσπισης του Ν. Μανιαδάκη, κ.κ. Θεόδωρος Μαντάς, Θεοδώρα Χ. Μίχου και Ευστάθιος Σκαλούμπακας μετά από την τελευταία αυτή δικαστική εξέλιξη επισημαίνουν ότι :
«Η πεποίθηση του καθηγητή Μανιαδάκη ότι η προσφυγή στη Δικαιοσύνη συνιστά τη μόνη δικλείδα ασφαλείας και τη μόνη θεσμική εγγύηση για την αναζήτηση της ουσιαστικής αλήθειας, επιβεβαιώθηκε με την έκδοση πλήρως αιτιολογημένου και εμπεριστατωμένου Βουλεύματος του Συμβουλίου Πλημμελειοδικών Αθηνών, το οποίο αποφαίνεται να μη γίνει κατηγορία σε βάρος του. Με την έκδοση του ανωτέρω Βουλεύματος επιβεβαιώθηκαν πλήρως όσα ο καθηγητής Μανιαδάκης και η υπεράσπιση του είχαν εισφέρει στην ποινική διαδικασία, υπερασπιζόμενοι σθεναρά την αθωότητα του».
